为了进一步规范北京市内资项目免税确认办理程序，明确鼓励类内资项目《国家鼓励发展的内外资项目确认书》、《符合产业政策的技术改造项目确认书》（以下统称“内资项目确认书”）办理的具体要求，北京市发改委下达了《关于进一步加强内资项目免税确认管理有关工作的通知》（京发改〔2007〕639号），对北京市内资项目免税确认办理程序提出了以下具体要求。
一、总体原则
（一）投资总额5000万元（含）人民币及以上的鼓励类内资项目由国家发展改革委出具内资项目确认书；投资总额5000万元人民币以下的鼓励类内资项目由市发展改革委出具内资项目确认书。
（二）项目单位凭国家发展改革委或市发展改革委出具的内资项目确认书及其他相关文件，到项目所在地直属海关办理进口设备免税手续、或到税务机关办理技术改造项目国产设备投资抵免企业新增所得税手续。
（三）国家试点企业集团、国家计划单列企业集团内资项目，由项目单位直接上报国家发展改革委申请办理内资项目确认书。
二、组织管理
（一）市发展改革委是我市内资项目免税确认工作的主管部门，受国家发展改革委委托，负责出具我市限额以下内资项目确认书以及上报国家发展改革委限额以上内资项目确认书的初审等工作。
（二）区、县发展改革委、北京经济技术开发区管委会是内资项目免税确认的管理部门，主要履行以下职责：
1.根据有关规定，组织辖区内内资项目免税确认的申报工作，对内资项目免税确认申请及有关材料进行审核；审核通过后向市发展改革委报送办理内资项目确认书请示，在请示中明确审核意见并对审核结果负责。
2.每季度将辖区内已出具内资项目确认书的项目执行情况汇总，并报市发展改革委。
3.配合国家和北京市有关部门对免税项目进行稽察、审计和检查工作。
（三）项目单位在履行国家有关法律、法规的前提下，应每季度向内资项目免税确认主管部门和管理部门报告项目实施情况，及时报告项目执行中出现的重大事项。
三、关于内资项目确认书的申报和审核
（一）办理《国家鼓励发展的内外资项目确认书》的项目应在取得项目审批或核准（备案）文件后、设备进口前提出书面申请；办理《符合产业政策的技术改造项目确认书》的项目应在取得项目审批或核准（备案）文件、国产设备全部购买并取得购置设备增值税专用发票后，提出书面申请。
（二）办理《国家鼓励发展的内外资项目确认书》，项目单位应提供以下材料，并对申报材料的真实性承担责任：
1.区、县发展改革委或北京经济技术开发区管委会报市发展改革委办理《国家鼓励发展的内外资项目确认书》的书面申请（一式两份）；
2.项目审批制项目可行性研究报告的批复文件、核准制项目的核准文件、备案制项目的备案文件及复印件一式三份，具有相应资质的咨询机构编制的项目可行性研究报告（一份）；
3.项目投资总额内自用进口设备清单（格式见附件1、2，一式七份），项目可行性研究报告中提出的进口设备清单一份（加盖项目单位公章）；
4.已签订的项目进口设备采购合同复印件（加盖项目单位公章）；
5.项目单位法人营业执照复印件（加盖项目单位公章）；
6.按规定需要进行招标采购设备的委托招标合同和中标通知书等招标文件复印件（加盖项目单位公章）；
7.其他需要说明或提供的材料（加盖项目单位公章）。
（三）办理《符合产业政策的技术改造项目确认书》，项目单位应提供以下材料，并对申报材料的真实性承担责任：
1.区、县发展改革委或北京经济技术开发区管委会报市发展改革委办理《符合国家产业政策的技术改造项目确认书》的书面申请（一式两份）；
2.项目审批制项目可行性研究报告的批复文件、核准制项目的核准文件、备案制项目的备案文件及复印件一式三份，具有相应资质的咨询机构编制的项目可行性研究报告（一份）；
3.项目投资总额内自用国产设备清单（格式见附件3、4，一式五份），项目可行性研究报告中提出的国产设备清单一份（加盖项目单位公章）；
4.已签订的项目国产设备采购合同及购置设备增值税专用发票复印件（加盖项目单位公章）；
5.项目单位法人营业执照复印件（加盖项目单位公章）；
6.按规定需要进行招标采购设备的委托招标合同和中标通知书等招标文件复印件（加盖项目单位公章）；
7.其他需要说明或提供的材料（加盖项目单位公章）。
（四）区、县发展改革委或北京经济技术开发区管委会在向市发展改革委提出书面申请之前，应对项目批复文件、项目业主单位（政府代建制项目除外）、项目投资总额、项目资金来源、项目自用进口设备（不在《国内投资项目不予免税的进口商品目录（2006年修订）》中）及设备清单、项目用汇额或国产设备投资额、项目建设起止年限、项目适用政策条目、项目申报材料等进行审核，并在书面申请中明确审核意见。对于项目批复文件中未明确项目单位、用汇额（或国产设备投资额）、适用政策条目，以及实施过程中发生项目单位、建设地点变化等重大变更的，应到原项目批复主办单位申请办理项目补充（或变更）批复后，再申请办理内资项目确认书。